Il est l’un des grands absents du procès Tarnac. Moins illustre que d’autres témoins cités par la défense, comme l’ex-ministre de l’Intérieur Michèle Alliot-Marie ou l’ancien procureur de Paris Jean-Claude Marin, l’agriculteur Jean-Hugues Bourgeois n’a pas non plus consenti à se présenter devant le tribunal. Celui-ci s’est tout de même penché sur son cas pendant toute la matinée de ce mercredi. En 2008, Jean-Hugues Bourgeois élevait des chèvres dans le Puy-de-Dôme. Il connaissait certains membres du « groupe de Tarnac », à qui il avait emprunté un bouc pour la reproduction de son troupeau. Le 14 novembre 2008, alors que les gardes à vue des suspects de sabotage sur des voies TGV sont encore en cours, deux capitaines de la sous-direction anti-terroriste de la police judiciaire (Sdat) recueillent son témoignage accablant. Ils l’entendent « sous X », c’est-à-dire que son identité est tenue secrète dans un coffre-fort, et n’aurait en principe jamais dû en sortir. Une procédure exceptionnelle, sur autorisation d’un magistrat, qui permet d’auditionner des personnes qui risqueraient leur vie (ou leur « intégrité physique ») en parlant à visage découvert.
Jean-Hugues Bourgeois, désigné comme « le témoin 42 » dans le dossier, fait des révélations fracassantes sur le « groupe de lutte armée révolutionnaire structuré autour de Julien Coupat », pour reprendre le vocabulaire policier de l’époque. Le témoin sous X affirme que