Dans la seringue

Depuis la découverte du Sars-CoV-2, il est l’élément du virus qui attire le plus l’attention. Le spicule, ou « spike » en version anglaise, encore appelé « S » voire « péplomère », et parfois « protéine de pointe », donne son aspect caractéristique au virus : il forme des petits picots qui hérissent sa surface. La tête de ces spicules présente une zone nommée « RBD » (pour « Receptor binding domain »), laquelle parvient à accrocher les récepteurs des cellules humaines pour les infecter. C’est la zone-clé de l’infection, celle par qui le processus s’initie. C’est donc lui qui est la cible de nos anticorps. Et la plupart des vaccins développés jusqu’à présent cherchent à imiter la forme de cette zone, de manière à ce que notre système immunitaire apprenne à la reconnaître et à la combattre.

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Faut-il encore présenter le Sars-CoV-2 ? Début 2020, on l’observe faire ses premières victimes en Chine. On l’appelle alors « le nouveau coronavirus » ou « 2019-nCoV ». Le 24 janvier, trois premiers cas sont confirmés en France. Le 3 février, son génome est publié dans la revue Nature, et sa proximité avec un virus de chauve-souris (RaRG13-CoV) établie. Certains le prennent encore pour une grippette, d’autres se méfient de sa ressemblance avec le Sras et le Mers, les deux coronavirus humains responsables d’épidémies mortelles en 2003 et 2012. Deux millions de morts du Covid-19 plus tard, on peut le dire : personne n’anticipait le tsunami pandémique qui se déchaînerait par vagues successives sur la planète pendant toute l’année 2020. 2021 sera-t-elle l’année de son vaccin ?

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B.1.1.7 est le nom officiel d’un variant du Sars-CoV-2, dit « variant anglais », découvert fin septembre dans le Kent, et qui circule activement depuis décembre, surtout en Grande-Bretagne mais aussi dans plus de 50 autres pays. Il a d’abord été nommé « VUI 202012/01 » puis « VOC 202012/01 ». Son génome porte dix-sept mutations, dont la plus remarquable est la N501Y (ainsi nommée car le 501^e acide aminé de la protéine de spicule, celle qui forme les petits picots en surface du virus, est une molécule d’asparagine, notée N, au lieu d’une tyrosine, notée Y). Cette redoutable version du virus lui permet, selon les premières estimations, d’être entre 40 et 70 % plus transmissible. Est-il plus mortel ? Jusqu’au 21 janvier, la réponse était non. Mais des analyses en cours dans plusieurs institutions britanniques, laissent penser qu’il tue entre 1,35 et 1,91 fois plus. Par chance, il présente l’avantage fortuit, grâce à une autre mutation (la délétion 69/70) d’être révélé par les tests PCR actuels : en présence du variant, ils n’affichent que deux signaux au lieu de trois.

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Le variant repéré en Afrique du Sud est pour l’instant désigné sous le nom de « 501Y.V2 ». Un nom probablement provisoire, le temps que les scientifiques se mettent d’accord sur une nomenclature commune. Il ressemble un peu au variant « anglais », avec sa mutation en 501^e position qui lui confère une plus grande contagiosité, mais il en porte une autre qui inquiète encore plus les médecins : E484K. Cette mutation sur le 484^e acide aminé de la protéine de spicule (qui lui fait produire une molécule de lysine, notée K, en lieu et place d’un acide glutamique, notée E, dans la version non mutée) est un tour de passe-passe maléfique : elle semble, selon les premières analyses, permettre au virus de déjouer les défenses immunitaires produites par une précédente infection… voire par un vaccin.

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